1.首先从开发方面：

原生开发的App

每一种移动操作系统都需要独立的开发项目

每种平台都需要独立的开发语言。Java(Android), Objective-C(iOS)以及Visual C++(Windows Mobile)等等

需要使用各自的软件开发包，开发工具以及各自的控件

我们做的手机网站打包的APP

从原生演变过来的通过APP嵌入网站来是实现的，这种应用可以使用HTML5,CSS3以及JavaScript以及服务器端语言来完成（PHP,Ruby on Rails,Python）

2.APP性能方面

原生App

能够与移动硬件设备的底层功能，比如个人信息，摄像头以及重力加速器等等

网站制作的App

只能使用有限的移动硬件设备功能。

3.APP数据获取方法

原生App

- 直接下载到设备

- 以独立的应用程序运行(并不需要浏览器)

- 用户必须手动去下载并安装这些原生App

网站封装的APP

从移动设备上的浏览器访问

不需要安装额外的软件

软件更新只需要服务器更新就够了

4.原生开发的APP和网站生成的APP优缺点对比

原生开发App优缺点：

- 比网站生成的Web App运行快

- 开发成本高，尤其是当需要多种移动设备来测试时

- 因为是不同的开发语言，所以开发，维护成本也高

- 因为用户使用的App版本不同，所以你维护起来很困难

网站生成App优缺点：

- 无法使用很多移动硬件设备的独特功能

- 同时支持多种移动设备，大大降低开发成本

- 需要手机网站反应速度要快，用好的服务器，否则打开会慢

最后结论：选择哪种根据你的客户需求和你的预算来决定的，如果预算小就选择网站打包生成的web app  ,如果想要功能多，性能好那么就是原生开发。